Gevher Nesibe, Selçuklu soyundan gelen kara kaşlı, kara gözlü, kara saçlı, ak yüzlü Türk kızı olarak resmedilmektedir. Rivayete göre, Selçuklu ordusunun komutanlarından bir sipahiye gönlünü kaptırmış, ancak Nesibe’nin ağabeyi I. Gıyaseddin Keyhüsrev bu aşka karşı çıkmıştır. Sultan sipahiyi, Kayseri’den uzak tutmanın yollarını aramış, onu muharebeden muharebeye göndermiştir. Nihayet bu savaşların birinde sipahi şehit olumuştur.

Bunu öğrenen Nesibe Hatun, üzüntüsünden vereme yakalanmış ve hasta yatağına mahkum olmuştur. Kız kardeşinin derdine doktorların çare bulamadığını öğrenen Gıyaseddin, onu ölüm döşeğinde ziyaret etmiş ve mal varlığı ile adına bir şifahane (hastane) yaptırması vasiyetini almıştır.

Vasiyet üzerine 1204 yılında hastanenin yapımına başlanmış ve iki yılda bitirilmiştir. Gıyaseddin Keyhüsrev, kız kardeşinin türbesini de hastanenin içine inşa ettirmiştir. Gıyaseddin’den sonra Gevher Nesibe’nin diğer kardeşi İzzeddin de hastanenin doğusuna bir tıp okulu yaptırmıştır. Bu okulun yapımına, 1210 yılında başlanmış ve dört yılda tamamlanmıştır.

Osmanlılar devrinde birkaç defa tamirden geçen darüşşifa 1890 yılına kadar kullanılmıştır. Burada akıl hastalarını müzikle tedavi eden ya da ruhlarına dinginlik veren hekimler görev yapmışlardır.